Số điện thoại: 024 6683 9670
[Vietnamese]
[English]

Những thay đổi trong kỹ thuật PCR

07/03/2016

Hỏi: Những thách thức lớn mà chúng ta vẫn đang phải vật lộn với PCR là gì?

Đáp: Mặc dù PCR là một kỹ thuật cực kỳ dễ sử dụng nhưng nó vẫn không phải là đáng tin cậy. Chúng tôi biết những vấn đề và những yêu cầu thực hiện là gì, nhưng tiếc là chúng tôi không giải quyết được những điều này. Một số ấn phẩm trong những năm gần đây đã chỉ ra rằng một phần lớn của dữ liệu PCR, ít nhất là trong khoa học y sinh, là không đáng tin cậy. Nó không chỉ là PCR mà một loạt các kỹ thuật phân tử đang bị sử dụng sai và gây ra rất nhiều vấn đề trong việc giải thích và sử dụng các kết quả. Điều này đã xảy ra trong một thời gian dài và trong những năm gần đây nó trở nên tồi tệ hơn. Đáng ngạc nhiên là mặc dù có rất nhiều vấn đề với PCR thì nó vẫn là một kỹ thuật phổ biến bởi vì nó rất hữu ích.

Hỏi: Liệu PCR kỹ thuật số có vượt qua các vấn đề gặp phải với PCR truyền thống?

Đáp: PCR kỹ thuật số có thể bổ sung cho qPCR truyền thống (quantitative polymerase chain reaction) đối với các ứng dụng nhất định và nếu thực hiện đúng cách, nó chắc chắn giải quyết một số vấn đề, đặc biệt là với phân tích dữ liệu. Hiệu quả của việc thử nghiệm, mặc dù có thể qPCR quan trọng hơn nhưng PCR kỹ thuật số cũng quan trọng, đặc biệt khi nhìn vào chỉ tiêu số lượng bản sao thấp. Những câu hỏi xung quanh việc sử dụng hệ thống PCR kỹ thuật số và những gì lặp lại, độ tin cậy của dữ liệu sẽ vẫn tồn tại. Rất nhiều người đang cố gắng sử dụng PCR kỹ thuật số để phân tích RNA và có vấn đề liên quan đến việc phiên mã ngược (RT) sẽ luôn luôn tồn tại. PCR kỹ thuật số chắc chắn sẽ hữu ích hơn cho các ứng dụng thích hợp và trong khi một số vấn đề đang giảm thì những vấn đề khác sẽ vẫn ở mức như vậy. Nếu có bất cứ vấn đề gì thì việc phân tích các dữ liệu sẽ trở nên quan trọng hơn. Chúng tôi công  bố thông tin tối thiểu về các hướng dẫn của Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments (MIQE) đối với PCR kỹ thuật số gần hai năm trước, nhưng vấn đề là mọi người không báo cáo những gì họ đang làm và làm thế nào họ nhận được kết quả. Cho đến khi tất cả được minh bạch, chúng ta sẽ tìm ra những vấn đề, không phải vấn đề về kỹ thuật mà chúng tôi đang sử dụng.

Hỏi: Ông có khuyến nghị nào cho các nhà quản lý PTN làm việc với PCR không?

Đáp: Khi người ta công bố họ thực sự cần đưa đủ thông tin cho những người khác để lặp lại thí nghiệm hoặc để đánh giá nếu các phân tích có ý nghĩa. Tất cả những câu hỏi cần được trả lời là: Làm thế nào để bạn chọn hoặc kiểm tra chất lượng mẫu của bạn? Làm thế nào để bạn lưu trữ và chuẩn bị ADN hoặc ARN của bạn? Số lượng bạn đang sử dụng cho PCR của bạn hoặc RT-PCR là bao nhiêu?. Tất cả những điều mà chúng tôi đã thảo luận trong các hướng dẫn MIQE là những điều mà mỗi PTN nên thực hiện và công bố tại một số giai đoạn trong phần bổ sung trực tuyến.

Hỏi: Liệu sự thiếu minh bạch có phải  do thiếu hiểu biết hoặc thiếu quan tâm không?

Đáp: Các tạp chí không quan tâm về việc thiếu khả năng tái sản xuất được. Không ai có bất kỳ nỗ lực nào để những thay đổi được minh bạch và chia sẻ tất cả các giao thức thử nghiệm chi tiết của họ. Vấn đề thứ hai là hầu hết mọi người không biết những gì họ đang làm. Họ thực hiện theo hướng dẫn trong các bộ dụng cụ PCR và sau đó nhìn vào kết quả các công cụ cung cấp mà không suy nghĩ về ý nghĩa của những kết quả này. Họ chỉ quan tâm đến việc có được một giá trị "p" mà tôi gọi là giá trị "công bố-publication" và nó nhỏ hơn 0,05. Những thay đổi trong hồ sơ thể hiện rằng mọi người báo cáo đôi khi cách xa phạm vi những gì PCR có thể phát hiện. PCR kỹ thuật số có thể giúp đỡ điều này nhưng tổng thể chất lượng của dữ liệu PCR được báo cáo là khá nghèo nàn. Trong miễn dịch hóa học, chúng tôi sử dụng các kháng thể hoặc giải trình tự thế hệ mới có cùng một vấn đề khi các dữ liệu thô không được cung cấp. Trớ trêu thay, các tạp chí chuyên ngành dường như xuất bản các dữ liệu chất lượng cao hơn từ các nhà phê bình có vẻ biết những kỹ thuật tốt hơn và có thể phát hiện sai sót một cách chính xác. Gần đây, chúng tôi đã xuất bản một tạp chí mới nhằm mục đích cung cấp những bài báo kỹ thuật có tiêu chí minh bạch chắc chắn.

Hỏi: Sự thiếu độ tin cậy sẽ không tác động đến dữ liệu PCR và việc sử dụng nó cho các ứng dụng chẩn đoán chứ?

Đáp: Rất nhiều kết quả không thể bị sao chép bởi vì dữ liệu được xử lý đúng cách. Không chỉ dữ liệu PCR mà cả dữ liệu thử nghiệm lâm sàng cũng vậy. Đây là một quan điểm hoàn toàn phổ biến đã len lỏi vào khoa học và rất nhiều sự đầu tư đã được thực hiện đối với các kỹ thuật và phương pháp mà mọi người không muốn quay trở lại và suy nghĩ. Con người chỉ muốn tiến lên và làm những điều mới mà không dừng lại để suy nghĩ nếu điều đó có ý nghĩa và chúng ta nên thay đổi mọi thứ như thế nào. Chúng tôi tin tưởng các nhà khoa học và để cho họ tự điều chỉnh.

Hỏi: Ông có hứng thú với bất kỳ phát triển mới nào về PCR không?

Đáp: PCR kỹ thuật số là một cách rất hay trong việc xác định chính xác số lượng bản sao thấp của các mục tiêu mới và chúng tôi đang sử dụng nó để quan sát các tác nhân gây bệnh nấm. Với qPCR, chúng tôi không bao giờ chắc chắn chúng tôi có bao nhiêu và chúng tôi không thể phân biệt số lượng thấp nhất của các kháng nguyên. Bây giờ, chúng tôi có thể sử dụng PCR kỹ thuật số để xác định khá chính xác số lượng virus và nấm, ít nhạy cảm hơn với qPCR. Việc di chuyển theo hướng công nghệ nano là cực kỳ hữu ích. Sự nhấn mạnh vào PCR hiện trường với các thiết bị cầm tay cũng thú vị. Sự kết hợp của PCR nhanh, khối lượng nhỏ và các thiết bị di động sẽ cung cấp cho PCR một diện mạo mới.

Hỏi: Ông có nghĩ rằng PCR sẽ được cải thiện khi tập trung vào các chẩn đoán và môi trường được quy định khác?

Đáp: Tôi đã làm việc với qPCR trong gần 17 năm và đã có những cải thiện. Khi PCR tập trung vào chẩn đoán, nó sẽ được quy định và kiểm soát chặt chẽ hơn, đây là một điều tốt. Đáng tiếc là rất nhiều các ứng dụng chẩn đoán dựa vào tiền chất nghiên cứu và đó là lý do tại sao một số vấn đề sẽ tiếp tục diễn ra. Rất nhiều công ty dược phẩm và công nghệ sinh học có thể chấm dứt sự lãng phí tiền bạc nếu các thí nghiệm ban đầu được thực hiện đúng. Hầu hết các công ty này đã đầu tư rất nhiều trong việc đào tạo nhân viên của mình để thực hiện theo các hướng dẫn và điều này là rất tích cực.

Hỏi: Việc đào tạo về PCR quan trọng như thế nào?

Đáp: Nếu tôi phụ trách một PTN, tôi sẽ chắc chắn rằng nhân viên ở đó theo một quy trình cố định và không chỉ đối với PCR. Nhà quản lý PTN có một cơ hội lớn và trách nhiệm ở đây. Họ nên đi và thông báo về những gì cần phải được thực hiện, và đó không phải là khó khăn, vì có quá nhiều công bố về những gì có liên quan. Với PCR, hiệu quả và độ đặc hiệu của các đoạn mồi (primer) là tiêu chuẩn phổ quát quan trọng. Về hóa học, bạn phụ thuộc vào những gì bạn đang cố gắng để làm nhưng một số nguyên tắc cơ bản vẫn không thay đổi. Đối với mỗi kỹ thuật mà bạn sử dụng có một số tiêu chí rất cần thiết để thực hiện theo và các nhà quản lý PTN phải đảm bảo các kết quả cuối cùng mà họ đưa ra là có ý nghĩa.

Hỏi: Những nguồn tài nguyên nào mà các nhà quản lý PTN có thể sử dụng?

Đáp: Các nhà quản lý cần liên hệ với những người biết những gì họ đang nói, mời những người này đến PTN của họ để khảo sát và đưa ra lời khuyên. Thứ hai, tôi sẽ xem các ấn phẩm có liên quan và xem những gì mọi người đang đề xuất. Thứ ba, tôi sẽ cố gắng và chuẩn hóa càng nhiều càng tốt. Chúng tôi biết rằng các công cụ khác nhau và các thuốc thử cho kết quả khác nhau. Vì vậy hãy tìm hiểu làm thế nào một thuốc thử đặc biệt tương tác với mẫu của bạn, biết cái gì chính xác và cái gì là những vấn đề cần quan tâm. Nó liên quan đến việc nói chuyện với những người bên ngoài lĩnh vực của mình, nhận được đóng góp của họ và sau đó thực hiện một số quy trình có ý nghĩa chung. Không bao giờ có thực sự một thuốc thử làm việc tốt nhất trong mọi hoàn cảnh. Vì vậy, bạn phải kiểm tra và xem cái gì là tốt nhất cho mẫu và thử nghiệm của bạn. Sự chuẩn bị của một thí nghiệm rất quan trọng. Nếu thuốc thử, dụng cụ và PTN được thiết lập tốt thì bạn sẽ có nhiều khả năng để thành công hơn.

Theo www.labmanager.com